Programas

Programa de Pesquisa
O Programa de Pesquisa tem como objetivo a produção de conhecimento científico em Arqueologia, Museologia, Educação, Geografia e áreas afins, bem como sobre a relação entre a sociedade contemporânea e o patrimônio arqueológico.
Os projetos coordenados ou apoiados pelo MASJ são norteados por uma das seguintes linhas de pesquisa: 
1. Sociedades e Ambientes no Tempo
2. Práticas Discursivas 
3. Metodologia de Conservação do Patrimônio de Acordo com a Legislação Vigente.
As pesquisas realizadas demonstram que na baía da Babitonga há o predomínio de sítios arqueológicos tipo sambaqui. A região apresenta, também, outras tipologias remanescentes da ocupação humana do período Pré-Colonial e, recentemente, foram registrados sítios arqueológicos históricos

Programa de Salvaguarda Museológica
O objetivo do Programa de Salvaguarda Museológica é promover a conservação e o gerenciamento das informações referentes, prioritariamente, ao patrimônio arqueológico pré-colonial in situ (sítios) e ex situ (acervos).
Dentre as responsabilidades previstas na  Lei Orgânica Municipal, o Programa de Salvaguarda do museu realiza inspeções periódicas em sítios localizados no Município.
As coleções arqueológicas organizadas por sítios procedentes, sob guarda do MASJ, estão armazenadas na reserva técnica de acordo com padrões de conservação. A solicitação de guarda de novas coleções e o acesso de pesquisadores externos ao acervo e à documentação devem ser solicitadas, previamente.

Programa de Comunicação
O Programa de Comunicação é a razão maior da existência de toda instituição museológica. Esse programa objetiva a externalização dos acervos e sítios arqueológicos, através de exposições, ações educativo-culturais e interação com a comunidade, a partir  dos resultados obtidos em pesquisas.
Este programa disponibiliza  Kit Didático para instituições congêneres e de ensino.
Calcada na metodologia da educação patrimonial, a ação educativa está direcionada ao público infanto-juvenil e à formação de professores, preferencialmente, aos que residem em áreas próximas a sítios arqueológicos. Também, são desenvolvidas ações com outros públicos  que visem à interação  da comunidade com o patrimônio.

Programa de Administração de Patrimônio Institucional e de Recursos Humanos
O MASJ está localizado em área central da cidade, em  sede projetada e construída entre 1969 e 1972, sob responsabilidade conceitual do Arquiteto Sabino Barroso e do Museólogo Alfredo Teodoro Rusins, do IPHAN, e com execução da Prefeitura Municipal de Joinville. Mantido pela Fundação Cultural de Joinville, o MASJ conta com o Conselho Técnico Científico em seu gerenciamento.
A instituição, como apoio, mantém a Biblioteca Alfredo Teodoro Rusins especializada nas áreas de atuação do MASJ. Além dessa estrutura, o Auditório Hilda Anna Krisch é, também, utilizado pelos técnicos em atividades com público e, ocasionalmente, esse espaço físico é cedido a outras instituições para realização de eventos sem fins lucrativos.
O corpo de funcionários é composto por pessoal concursado (nível básico, médio e superior), terceirizado e, eventualmente, profissionais contratados temporariamente. A aceitação de estagiários tem por finalidade contribuir na formação de novos profissionais, enquanto que a participação de aposentados voluntários possibilita a inclusão social de cidadãos da terceira idade.
A divulgação das ações e produções do MASJ que acontece através de publicações, de material gráfico e de participação dos profissionais em eventos científicos, visa a informar e interagir com os diferentes públicos.
A realização de eventos não está restrita ao objeto do MASJ, havendo uma preocupação em promover ações envolvendo, também, temáticas relacionadas à Antropologia, História e Etnologia. Nesse sentido, atualmente, vêm sendo promovido o Evento Intitulado "Colóquios Patrimoniais" .
O intercâmbio com instituições afins e de fomento, é outro objetivo deste Programa e tem propiciado a execução de projetos dos demais Programas, destacando-se as parcerias com o IPHAN, desde 1972, Adotantes de sítios e de financiadores como a VITAE, CNPq, Caixa Econômica Federal, Direitos Difusos, Petrobrás, entre outros, os quais apoiaram e apóiam diversos projetos.