A criação do Museu Arqueológico de Sambaqui de Joinville se deu em 1963, com a compra da coleção arqueológica, com mais de 12.000 peças, pertencentes ao Sr. Guilherme Tiburtius. Procedente do litoral Norte de Santa Catarina e Sul do Paraná, esta coleção constitui-se em relevante material remanescente de populações pré-coloniais cuja economia de subsistência se baseava, principalmente, na exploração de recursos flúvio-lagunares e marinhos.
A partir de 1972, com a inauguração de prédio próprio, o MASJ tem atuado em favor da preservação do patrimônio arqueológico do município e, muitas vezes, de municípios vizinhos. Com a guarda permanente de materiais arqueológicos da região, que são propriedade da União, as ações do MASJ são acompanhadas por constante crescimento dos acervos em decorrência de doações particulares, pesquisas arqueológicas e a localização de novos sítios no município e na região norte de Santa Catarina.
